Protección del Navegador sí estaba marcado y en Herramientas/Administrar complementos de IE11 también estaba habilitado.
Leyendo los tópicos que has puesto me he dado cuenta de que es algo que le está pasando a bastante gente con Windows 7 e IE 11 y no un problema de mi ordenador, así que esperaré a que lo arreglen en próximas actualizaciones. Personalmente no me importa demasiado que AOS/Webrep no sea visible, mi temor era que mi antivirus hubiese dejado de funcionar correctamente y mi ordenador estuviese desprotegido.
Gracias por tu respuesta