Arquivos protegidos por senhas são, em si, inertes.
Qual a operação não foi suportada neste tipo de arquivo? Reparar? Mover para a Quarentena? Também é natural que um arquivo zipado seja inerte, isto é, não afete o computador a menos que extraído. O avast não limpa dentro de arquivos inertes.
Você tem a opção de mover todo o arquivo .zip, .rar para Quarentena.