自動サンドボックスの例外の設定は、
メインウィンドウ -> 追加の保護 -> 自動サンドボックス -> 設定 -> 自動サンドボックスから除外されるファイル
に保存されています。
Visual Basicのプログラムが、どのような場所にどのようなファイル名で保存されるのかは分かりませんが、毎回パスが変化するような場合には、ワイルドカードを使って除外設定をしてみてください。
例えば、C:\Program Files\Software\*.exe
のように記述すれば、C:\Program Files\Software直下の実行ファイル全てを除外できます。