Zdravím,
nepřijde mi, že by za problém se Skype mohl Cleanup, ale nic není předem vyloučeno. Je možné, že došlo ke změně registrovné hodnoty nebo vypnutí služby, která by Skype komunikaci ovlivňovala. Jakou používáte verzi Windows?
Můžete se alespoň zkusit vrátit do předchozího stavu pomocí System Restore (Obnovení systému). Cleanup zde vytváří při každém běhu bod obnovení.