¡Hola! Les comento rapidamente, cuando bajo archivos de internet se guardan en la carpeta Descargas como bien dicen. De ahí, los saco y los organizo en otras carpetas, ya sean imagenes, videos, etc, etc.
Asumo, por que no lo sé a ciencia cierta, que este tipo de programas y aplicaciones asumen que todo lo que el usuario descarga lo "saca" de dicha carpeta y lo organiza aparte, por eso lo borra. Ahora, debe haber algún apartado donde se pueda configurar que es lo que se debe limpiar y que no.
Respecto a la recuperación de archivos, hay diversos programas que pueden descargarse para usarlos de inmediato (por ahorita no se me viene ninguno a la cabeza) ya que, si por error borras algo que no querías borrar, debee dejar de usar la computadora de inmediato para evitar que se sobreescriban los secgtores donde se encontraba la información borrada y proceder a ejecutar el programa de recuperación ya que, si sigues utilizando el equipo sobreescribirás los sectores en cuestión y será mucho más dificil si no es que imposible recuperarlos