こんばんは tukus さん
Winny/ShareやAntinnyの動作について詳しい訳ではありませんので、一般論としての議論にはなりますが、私なりの結論を先に申し上げますと、
・AVASTでウイルス判定されていないということはWinnyなどの実行ファイル(?)の入ったフォルダはそのままにしておいた方がいいのでしょうか。精神衛生上よくないので削除はしたいのですが、残しておいた方が後々詳細を検証できることもあるのではないかと思い、削除に踏み切れずにいます。
削除して問題ないと考えます。
後々の検証の可能性を残しておきたいという場合には、問題のフォルダを丸ごとZIPファイルなどに圧縮しておく(サイズが大きくなければですが)という手もあります。
・元のドライブ所有者がファイルを実行したかどうかわからない、かつ、そのドライブを接続して使っていた状態で、ウイルス判定されたファイルは感染を行ったと考えるべきでしょうか。
該当PCにおいて自分でこの実行ファイル、及び関連のフォルダに触れたことはありません(今回調べたのが初です)。
ただし、貰った時点で膨大なファイル内から自分で保存した資料のテキストを探す際、エクスプローラーの「検索」を使用しており、その際にウイルスファイルの格納されたフォルダを走査したことはあると思われます。また、同様の理由でファイル名の一部が一致した際など、検索結果の一覧窓にウイルスファイルの格納されたフォルダがピックアップされたこともあると思われます(エクスプローラー検索を行うと出てくる「検索場所」プレビューなどの出てくる画面です)
記載いただいた内容を見る限り、tukus さんのPCで当該マルウェアが稼働した(=「感染した」。後述)可能性は低いと考えます。
前の持ち主のPCでは、あるいは稼働していた可能性は否定しませんが、現在のHDDの用途がOSではなくデータ置き場ということですので、ここでは問題にはならないはずです。
・AVASTからの検疫でウイルス判定されたファイルを処理するか、エクスプローラーからフォルダごと消すか、どちらがいいでしょうか。
コンピュータへの害という観点でいえば、Avastで検疫されればそれで問題は無いはずです。
後は1点目と同様、精神衛生的にどうするかという部分になります。
個人的には、人から譲り受けた/中古で購入したHDDなどは、中身に特段の興味/意味が無い限り、フォーマットにより中身を全削除してから使っています。私自身がHDDを売却/譲渡する場合も、何らかの理由でそれが不可能な場合以外は、入念にディスクのデータ消去を行ってから売却/譲渡しています。
さて、tukus さんが迷われている部分は、おそらく「感染」という言葉の意味合いかと思います。
ご認識の通り、EXEファイルなどの実行ファイル型のマルウェアは、その実行ファイルがPC上で稼働しない限り、実害を与えることはありません。tukus さんは、この「稼働する=害を与える」ことを「感染する」と呼称されているものと思います。
一方、問題のあるファイルがPC上に存在することがそもそも問題であるとの考えから、稼働したかどうかにかかわらず、マルウェアの関連ファイルが存在することを「感染する」と表現される方もいます。
このあたりを区別せずに書いてあるものがほとんどなので、どういう意味合いで書いてあるかによっては混乱を招く場合があります。
一部のマルウェアは、活動の結果として特定の場所に特定のファイル(実行ファイル含む)を作成する場合があるため、そういったファイルが存在することをもって、かつてのそのPCにおいてマルウェアが稼働した=感染したと判断するケースはあります。
また、ファイルをあえて実行していなくとも、Windowsの脆弱性を突いて勝手にマルウェアのEXEを起動するもの(ドライブ・バイ・ダウンロード、autorun型マルウェア、細工されたショートカットファイルなど)もありましたが、Winny/Shareがそういった機能を持っていたとは聞いていませんし、前の持ち主がよほど意地悪でない限り、意図してそういった設定をしていることは無いでしょう。
仮に今回のマルウェア(Antinnyなど)がこう言った攻撃手法を利用していたとしても、(100%とは言いませんが)Avastは対応していますので、心配はないものと考えます。
ちなみに近年では、ファイルとしての実体を持たないマルウェアが多種出てきています。今回の件とは関係ありませんが、マルウェアはEXEだけという訳ではありませんのでご注意ください。