Si el Malwarebytes te ha detectado estas infecciones y el Windows está acabado de instalar, la posibilidad que te comentaba gana mucha fuerza: tu ejemplar del sistema operativo está comprometido.
Ya que dices que vas a formatear y volver a instalar, mi consejo sería que INMEDIATAMENTE después de hacer dicha instalación vuelvas a pasar el Malwarebytes. Si te vuelven a aparecer las infecciones, y no has instalado ningún programa adicional, entonces mi consejo es que dejes de utilizar ese CD de Windows ya que sería casi seguro que lleva "compañía".
En cuanto a lo que te pasa con el pendrive, es lo mismo que te ocurre cuando lo descargas: el virus detecta que estás intentando usar avast! y te anula dicha instalación/descarga, para que no puedas desinfectar tu equipo.