Olá fbporto,
eu passei pelo mesmo problema e resolvi retirando um comando javascript que foi implantado através da rede no meu site. Tente visualizar seu código fonte, veja se existe um comando javascript (longo), no começo ou no final do seu código. Eu não me lembro como ele realmente é, mas posso te adiantar que o código javascript é grande. Para identificá-lo é simples, basta ver se o comando javascript faz parte do seu site. Realmente é um código malicioso e vc deve ter pego através da rede de algum computador infectado. Depois de retirar o código é aconselhável mudar a senha do seu FTP / Painel de Controle. Lembre-se de verificar em todas as pastas e arquivos que compõe o seu site.
Abraços e boa sorte!