ファイルのURLについては、設定 -> 一般 -> スキャンからの除外 -> URL に追加すればよいかと思います。
保存先については、設定 -> 一般 -> スキャンからの除外 -> ファイルのパス から、
W:\Users\*\Desktop\RADTools.exe
でどうでしょうか。
Firefoxのように、ダウンロードごとに違う一時ファイル名を使うブラウザの場合、ファイルの区別ができないため、このファイルだけを個別に除外するのは無理です。
拡張子等でまとめて判定することは可能ですが、それだと関係ないファイルまで除外してしまいます。
ところで・・・
ポップアップで除外設定をチェックしても、正しく設定できてません。
とは、どういう状態でしょうか?