メールシールドをオフにした場合、メーラ経由でやり取りされるメールに対するウイルススキャン機能は動作しなくなります。
したがって、受信したメールにマルウェアがいた場合でも、メールを受信した段階では検知されなくなります。
メールの添付ファイルを開いたなど、通常のファイルとしての扱いがなされた時点で、ファイルシステムシールドによるスキャン対象にはなります。
ただ、メーラのデータがファイルシステムシールドで検知されると、最悪の場合、当該メールを含むデータファイルが丸ごと(関係ないメールも含めてすべて)削除されることがありますので、メールのスキャンをファイルシステムシールドに依存するのは避けた方が良いかと思います。
ちなみに、詳細なエラーメッセージは何と出ていたでしょうか。また、それは毎回発生するものでしょうか。